Про кластер

Кластер Інституту прикладних проблем механіки і математики ім. Я.С. Підстригана побудований завдяки державній цільовій науково-технічній програмі впровадження і застосування грід-технологій на 2009-2013 роки, а також безпосереднього фінансування Інституту прикладних проблем механіки і математики.

В основі кластеру лежить платформа HP ProLiant s6500 та операційна система ROCKS 5.4.3.

Кластер побудований з чотирьох вузлів, мережевого комутатора, KVM-перемикача та блоку безперебійного живлення.

Керуючий вузол

Системна плата - HP ProLiant DL180 G6

Процесор - 1xIntel® Xeon® Processor E5620 (12M Cache, 2.40 GHz, 5.86 GT/s Intel® QPI)

Оперативна пам’ять - 4x2GB (PC3-10600R-9)

Жорсткий диск - 2xHP 2 TB (RAID-1)

Обчислювальні вузли на платформі HP ProLiant s6500

1:

Системна плата - HP ProLiant SL250s Gen8

Процесор - 1xIntel® Xeon® Processor E5-2620 (15M Cache, 2.00 GHz, 7.20 GT/s Intel® QPI)

Оперативна пам’ять - 4x2GB (PC3-10600R-9)

Жорсткий диск - HP 500GB

2:

Системна плата - HP ProLiant SL170s G6

Процесор - 2xIntel® Xeon® Processor E5645 (12M Cache, 2.40 GHz, 5.86 GT/s Intel® QPI)

Оперативна пам’ять - 2x6GB (PC3-10600R-9)

Жорсткий диск - HP 160GB

3:

Системна плата - HP ProLiant SL170s G6

Процесор - 2xIntel® Xeon® Processor E5620 (12M Cache, 2.40 GHz, 5.86 GT/s Intel® QPI)

Оперативна пам’ять - 2x6GB (PC3-10600R-9)

Жорсткий диск - HP 160GB

Десять обчислювальних вузлів на платформі IBM Bladecenter E (8677)

4:

Системна плата - IBM HS20

Процесор - 2xIntel® Xeon® Processor 3.20 GHz (1M Cache, 800 MHz FSB)

Оперативна пам’ять - 4x1GB (PC2-3200R-333-12-C3)

Жорсткий диск - IBM 2 x 40 GB

Мережа

Комутатор - HP V1810-24 G Switch.

!!! Зауважимо, що в усіх процесорах увімкнута технологія Intel® Hyper-Threading Technology, вона дозволяє збільшити кількість віртуальних ядер до 2xN, де N-фізична кількість ядер.

Програмне забезпечення

Усе програмне забезпечення встановлене на керуючому вузлі. Також, встановлено додаткове програмне забезпечення, яке не включено в установчі файли системи.

Операційна система

В основі програмного забезпечення кластера лежить операційна система Лінукс — ROCKS 5.4.3. (на основі CentOS 5.6) з ядром Linux-2.6.18-238.19.1.el5xen.

Компілятори та паралельне програмування

На кластері встановлені компілятори родини GNU Compiler (верс. 4.1.2, 4.4.4 та 4.7.1) з відповідною бібліотекою для паралельного програмування - OpenMPI (детальніше про компіляцію та компілятори в Компілювання та запуск задач).

Система керування ресурсами

Для керування чергами запуску задач використовується система Sun Grid Engine (SGE) 6.2u5. Детальніше про запуск задач з використанням SGE (Компілювання та запуск задач).

Грід-програмне забезпечення

ARC програмне забезпечення для доступу до українського національного гріду — nordugrid-arc-2.0.0.

Додаткове програмне забезпечення

  • Abinit-7.10.4, lammps - пакети молекулярної динаміки;
  • HEAsoft - програмне забезпечення для аналізу спостережуваних даних космічних телескопів;
  • ScienceTools-v10r0p5 - програмне забезпечення для аналізу спостережуваних даних космічної обсерваторії ім. Фермі;
  • gsl-1.16, fftw-2.1.5, lapack-3.6.0, blas-3.5.0.